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他经过数月完成验证,为国际共享数据库纠错

本报讯(记者 陶赟婷)近期,NCBI(美国国家生物信息中心)根据一封来自苏州的电子邮件,将BLAST数据库的EU286374.1的样本序列更正为“未识别物种”。让NCBI工作人员没有想到的是,他们在回复邮件中称呼的“Dr.Xia(夏博士,编者注)”竟然是苏州的一名高三学生。

给NCBI的BLAST数据库纠错的学生名叫夏天,是苏州工业园区领科海外教育学校的高三学生。去年年底,正在读高二的夏天参与了冷泉港亚洲DNA学习中心的秋季DNA条形码项目,进行了“虾的进化关系”的课题研究。在研究中,夏天在将一段竹节虾的基因测序结果上传至NCBI的BLAST数据库进行比对分析时,没有比对出虾,却发现序列最相近的是鲇鱼,这引起了夏天的好奇。

夏天发现,这段鲇鱼序列来自一条韩国学者上传的数据,但与此同时,也有其他数据显示这是一种细菌。究竟是虾和鲇鱼的序列相近,还是提取样本时,细菌侵染了样本?如果这确实是细菌,NCBI的数据岂不是有错?夏天充满了疑问。基于前期学习DNA条形码项目时学习中心老师的指导,夏天带着质疑,在接下来的几个月时间里,将基因数据库网站研究了一遍,又将韩国学者上传的EU266374这一段“鲇鱼”序列放到了第三方基因数据平台进行比对,结果显示仍是细菌。几经验证后,夏天证实了自己的想法,BLAST数据库的这条共享数据确实出错了:这条混在细菌群里的“鲇鱼”实际是假交替单胞菌属。

夏天随即将这一发现告诉了学习中心的课题指导老师约翰博士和王心悦,在老师们的鼓励及指导下,今年9月夏天给NCBI 写了一封邮件,指出数据库中的EU266374这一样本与假交替单胞菌属有着98%的相似性。没想到,邮件发出后仅5个工作日,夏天就收到了NCBI工作人员的回复,他们基于夏天的印证,决定将该样本标记为“未识别物种”,以提醒其他的研究者这条信息的不确定性,同时在BLAST数据库里也将不再显示这一段序列的搜索结果。如今,数据库已将EU286374.1的样本序列标记为“未识别样本”。

“很神奇,而且也没想到他们称呼我为Dr.Xia,大概对方也没想到写邮件的是一位高三学生吧。”夏天说。

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